工程成本通常包括直接材料、直接人工、机械使用费以及其他直接费用，这些要素需要分别通过“工程施工——合同成本”下的明细科目进行归集。例如，购入钢材时，借记“原材料”科目，领用时再转入“工程施工——合同成本——材料费”。
人工成本则需根据工程人员工资表，借记“工程施工——合同成本——人工费”，贷记“应付职工薪酬”。
机械使用费的核算相对复杂，自有机械的折旧、燃油费、维修费应先在“机械作业”科目归集，月末再分配转入工程成本。租入机械的租赁费则直接计入“工程施工——合同成本——机械使用费”。此外，临时设施费、工程水电费等属于其他直接费用，同样需要根据实际发生额及时归集到对应明细科目。
科目设置的核心在于精细化管理，企业应根据项目特点和核算需求，在“工程施工”下设置“合同成本”和“合同毛利”两个二级科目。合同成本用于归集实际发生的各项支出，合同毛利则反映工程结算与成本的差额。这套科目体系为后续的分录处理奠定了结构基础，确保每笔经济业务都能找到准确的归属位置。
施工过程中，材料采购与领用是最频繁的业务。采购材料时，分录为：借“原材料”，借“应交税费——应交增值税（进项税额）”，贷“银行存款”或“应付账款”。当工程施工领用材料时，分录为：借“工程施工——合同成本——材料费”，贷“原材料”。如果材料用于多个项目，还需编制分配表，按照实际用量或定额比例进行分摊。
工程人工费用的核算需要区分自有人员与劳务分包。自有人员工资通过“应付职工薪酬”归集，月末按工时或工作量分配：借“工程施工——合同成本——人工费”，贷“应付职工薪酬”。劳务分包费用则根据分包合同和验收单，直接借记“工程施工——合同成本——人工费”，贷记“应付账款——劳务公司”。增值税处理时，需注意劳务分包一般适用简易计税或一般计税的不同税率。
机械使用费的分录要结合设备租赁或自有情况。租入设备时，根据租赁发票：借“工程施工——合同成本——机械使用费”，借“应交税费——应交增值税（进项税额）”，贷“银行存款”。自有设备计提折旧时，先在“机械作业”归集：借“机械作业——折旧费”，贷“累计折旧”；月末再结转：借“工程施工——合同成本——机械使用费”，贷“机械作业”。
现场发生的其他直接费用如临时设施搭建、场地清理等，应直接计入成本。例如搭建临时板房，分录为：借“工程施工——合同成本——其他直接费用”，贷“原材料”或“银行存款”。这些费用虽然金额可能较小，但若归集遗漏，会直接影响工程成本的完整性。每一笔分录都需附上发票、领用单或结算单等原始凭证，确保账实相符。
工程结算时，施工企业需要根据甲方确认的工程量开具发票并确认收入。分录为：借“应收账款”，贷“工程结算”，贷“应交税费——应交增值税（销项税额）”。这里“工程结算”是“工程施工”的备抵科目，用于归集已向业主办理结算的金额。同时，月末需要将“工程施工——合同成本”与“工程结算”进行对转，计算合同毛利。
合同毛利的计算公式为：合同毛利=工程结算——工程施工——合同成本。分录处理时，借“主营业务成本”，借或贷“工程施工——合同毛利”，贷“主营业务收入”。如果合同毛利为正数，表示项目盈利；若为负数，则反映亏损。例如，某项目累计结算金额为1000万元，累计合同成本为800万元，则分录为：借“主营业务成本”800万，借“工程施工——合同毛利”200万，贷“主营业务收入”1000万。
项目竣工后，需要将“工程施工”与“工程结算”对冲结平。分录为：借“工程结算”，贷“工程施工——合同成本”，贷“工程施工——合同毛利”。这一步骤标志着项目成本核算的闭环，确保资产负债表上不再保留该项目的余额。如果项目尚未竣工但已办理了部分结算，上述对转分录需要在每个会计期末重复执行，以动态反映项目盈亏。
在实际操作中，需要注意工程变更、索赔等特殊业务的处理。设计变更增加的成本，应补做分录：借“工程施工——合同成本”，贷“原材料”或“应付账款”。索赔收入则冲减成本或直接计入收入，具体取决于合同约定。这些调整分录必须附有变更签证单或索赔协议，避免后期审计时出现争议。增值税的核算也要同步调整，确保销项与进项匹配。
月末结转是工程成本核算的收尾环节，主要涉及损益类科目的归集。首先将“主营业务成本”和“主营业务收入”结转至“本年利润”，分录为：借“本年利润”，贷“主营业务成本”；同时借“主营业务收入”，贷“本年利润”。如果项目发生亏损，亏损额会减少本年利润，从而影响企业所得税的计算。
对于未完工的在建项目，“工程施工——合同成本”的余额需在资产负债表“存货”项目中列示。而“工程结算”科目的贷方余额，则与“工程施工”对冲后的差额，列示在“存货”或“预收账款”中。这一列报规则要求财务人员每月检查两个科目的余额，确保报表数据准确反映项目进度和资金占用情况。
增值税的处理也需要在月末完成。根据当期销项税额和进项税额的差额，进行结转：借“应交税费——应交增值税（转出未交增值税）”，贷“应交税费——未交增值税”。次月缴纳税款时，再借记“应交税费——未交增值税”，贷记“银行存款”。这些分录与工程成本的分录相互独立，但又共同构成完整的税务核算链条。
实际工作中，很多企业会设置辅助核算项目，在“工程施工”下按项目名称开设明细账。这样在月末结转时，可以直接通过系统生成分项目的成本汇总表，大幅提高核算效率。对于跨年度的工程项目，还需注意收入确认的完工百分比法应用，确保会计分录用对了对应的完工进度数据。
